‘Reis door de tijd’ is een aparte serie die aansluit bij de bekende boeken rond Geronimo Stilton, de schrijvende muis die altijd spannende avonturen beleeft. Via een list lokt zijn neef Klem Stilton Geronimo mee op een heel bijzondere missie.
Hij moet op zoek naar een manier om een dreigende oorlog van de kattenpiraten te verhinderen. Met de gloednieuwe tijdmachine van Professor Volt moeten ze naar Atlantis en Stonehenge om te leren hoe je de vrede kan bewaren. Een jonge archeologe Lot, het nichtje van Professor Volt reist mee als deskundige. Ook Thea de zus van Geronimo, en neefje Benjamin met zijn vriendinnetje Pandora zijn van de partij.
Maar waar ligt Atlantis? Om dat te achterhalen reizen ze eerst naar het oude Griekenland. Daar ontmoeten ze Plato die het verhaal van Atlantis neerschreef. Hij geeft hen een kaart van Atlantis en een amulet om binnen te gaan in dat geheimzinnige land. De reis verloopt vlot, en de koningin verwelkomt hen hartelijk. Maar toch ruikt het gezelschap onraad. Is de deursluiter Aristorattus wel betrouwbaar?
Met allerlei technische snufjes lossen ze de geheimen op. Zo redden ze de koningin en krijgt het eiland een nieuwe toekomst. Vandaar gaat het naar Stonehenge waar een oorlog dreigt tussen twee stammen. De bangerik Geronimo wordt aangeduid om de vijand angst aan te jagen. Gelukkig haalt hij een ongekend wapen boven. De vijanden sluiten vrede en vieren dat met een feestmaal. Als Geronimo de verloren octopusring weer in handen krijgt is het gezelschap klaar om naar huis te gaan. Maar eerst maken de muizenvrienden nog een ommetje naar de toekomst. Daar zien ze hoe welvarend hun muizeneiland geworden is.
Hebben Geronimo en zijn vrienden voldoende geleerd op deze reis om vrede te sluiten met de katten die hun eiland bedreigen? Hoe zullen ze dat doen? Welk geheim wapen zullen ze inzetten?